В 1968 году Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) выделила в отдельную категорию научную деятельность по наблюдению и сбору данных за использованием лекарственных средств. Этот год считается началом эры фармакологического надзора. В Светском Союзе программы по мониторингу медицинских препаратов стали появляться в 1969 году. В то время был сформирован отдел учета побочных действий лекарственных средств. К 1973 отдел развился во Всесоюзный центр по изучению побочных действий лекарственных препаратов.
Его целью было сбор информации о побочных действиях различных лекарств и информировании о них медицинских работников. В 90-е годы, к сожалению, деятельность по фармаконадзору практически не велась. Восстановление системы мониторинга безопасности лекарственных средств произошло в 1997 году. В этот год был создан Федеральный центр по изучению побочных действий лекарств Министерства здравоохранения РФ.
За период с 1997 по 2007 год научным центром была проведена титаническая работа. Было приведено в соответствии с международными стандартами нормативная документация. Было унифицировано законодательство в сфере мониторинга безопасности лекарственных средств. Были выпущены методики сбора информации и организации служб фармаконадзора для компаний разработчиков и держателей регистрационных удостоверений.
Изданы рекомендации для медицинских работников по сбору информации при проведении клинических исследований. Все эти материалы собрали в себе передовой опыт европейских стран.
Следующим этапом развития системы мониторинга безопасности лекарств, стало принятие 61-ФЗ «Об обороте лекарственных средств». За последующее время закон изменялся и дополнялся. На сегодняшний день в 61 Федеральном Законе выделена 13 глава «Мониторинг эффективности и безопасности лекарственных препаратов, находящихся в обращении в Российской Федерации», которая регламентирует основные положения, касающиеся фармаконадзора.